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GST pulldown技术原理:首先将体外表达的GST融合蛋白与谷胱甘肽珠结合，然后将目标蛋白-GST-珠与细胞裂解液孵育，使相互作用的蛋白一起吸附在珠上。洗去未结合的蛋白质后，用洗脱剂将相互作用的蛋白质复合物从珠子上洗脱下来，即GST pulldown product。这种相互作用复合物可用于通过WesternBlot检测已知蛋白质或通过质谱鉴定未知蛋白质。

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都是用来研究蛋白质相互作用的技术。如果使用免疫沉淀，蛋白质处于自然状态，蛋白质的相互作用可以在自然状态下进行，因此可以避免这种影响，分离出自然状态下相互作用的蛋白质复合物，但问题是，这两种蛋白质的结合可能不是直接结合，而是第三方可能在中间起桥梁作用；而且需要在实验前预测目标蛋白是什么，以选择最终要检测的抗体。如果抗体选择错误，就不会有结果，GSTpull-down是将GST融合蛋白作为探针固定在凝胶柱上，在溶液中与目标蛋白结合。可用于确定融合(或探针)蛋白与未知(或靶)蛋白的新相互作用，确认探针蛋白与已知蛋白的可疑相互作用，但问题是这种方法可能会产生假阳性。也就是说，吸附可能是由电荷的作用引起的，而不是生理相互作用。